代谢组学原始数据格式转换-proteowizard

一般代谢组学的机外质谱数据是不能被下游开源分析工具(如XCMS)直接使用的，所以如果需要自己使用开源工具分析数据，需要先将格式转换为开放格式。

常见格式如下:

Proteowizard可以将许多商业格式转换成开放格式:

目前支持的Proteowizard业务格式如下:

Proteowizard支持以下转换格式:

Proteowizard在Windows、mac和linux上都有。

但是对于直接安装的linux版本，没有格式转换功能。如果需要转换厂商的格式，可以使用其安装了window版本的docker映像(通过wine执行)。

镜像绘图

除了用于格式转换的msconvert，这张图片还有skyline软件。Skyline是华盛顿大学MacCoss实验室开发的免费windows工具，主要用于质谱数据分析。我们只需要在这里使用msconvert。有兴趣可以自己去官网了解一下。

使用msconvert的docker版本

查看msconvert的帮助文档:

docker更详细的使用文档在这里:/engine/reference/command line/Docker/。这里我简单解释一下我们使用的命令和标签的含义:

如果你的存储系统有权限管理，需要在格式转换前将目录权限改为777，否则proteowizard无法访问和写入数据。操作示例如下:

docker更详细的使用文档在这里:/engine/reference/command line/Docker/。这里我简单解释一下我们使用的命令和标签的含义:

如果你的存储系统有权限管理，需要在格式转换前将目录权限改为777，否则proteowizard无法访问和写入数据。操作示例如下:

好了，可以用msconvert开始格式转换了:

其他常见参数:

更多参数请参考msconvert:/63208.html的帮助文档。