宫殿建筑的南京紫禁城
明代的皇宫金碧辉煌，大殿金碧辉煌。始建于元郑智二十六年(1366)，明洪武十年(1377)重修。它曾是明朝洪武、文健和永乐的宫殿。直到明朝永乐十九年(1421)明太祖朱迪迁都北京，南京故宫的使命才正式结束，但仍有皇室和重要官员驻守，地位举足轻重。
明代紫禁城多次被毁，现仅存部分地面建筑、地下石柱等遗存1958，列为江苏省重点文物保护单位。2006年，国务院批准为全国重点文物保护单位。
南京故宫建于元郑智二十六年(1366)，地址位于元代庆忌市外满郊区(即南京市中心以东)。原为“吴王新宫”，后称皇城。由于朱元璋当时还未称帝，新宫规模有限，只有中路的外院和内院建筑，东西两侧的空地没有建宫殿。新宫殿东西宽790米，南北长750米。它有四个门，即南面的午门、东面的东华门、西面的西华门和北面的玄武门。午门入口为奉天门，正殿为奉天殿，殿前左为文楼、武楼。在那之后，是盖华大厅，在那里你被授予荣誉。故宫有干青宫和坤宁宫，还有六物宫。
洪武元年(1368)，朱元璋即位为帝，以应天府为南京，开封为北京，次年在凤阳建中都城。由于人力物力全部集中在中都城和宫殿的建设上，南京宫的扩建再次终止。在随后的几年里，只对现存的宫殿进行了必要的维修。
洪武八年(1375)，朱元璋放弃了建中都的计划，专心建南京。在这次修建中，增设了午门左右两个城门，奉天门左右两个东西角门，并增设了文化殿、武英殿等建筑。洪武二十五年(1392)再次修建，在皇城外加建宫墙，以新墙为皇城，原皇城改名为宫城。宫城前修端门、承天门、金水桥，形成丁字广场，向南至1373修建的洪武门。广场东侧有五部(刑部在皇城北面的紧急出口外)，西侧有五个武将府。[6]
南京紫禁城建造过程中，以紫金山的傅贵山为依托，重视风水问题。但由于选址的限制，故宫建在被填平的燕雀湖上。虽然通过打木桩、铺石块、用石灰混凝土捣固等方式对地基进行了加固，但时间长了地基下沉的问题还是发生了，宫内容易形成渍水，排水困难。同时，宫城离外城太近，战时不易防守。[6]
南京故宫卫星复原图
朱元璋死后，朱元璋的孙子朱允炆继位，引起了朱元璋第四子、燕王朱迪的不满，以进京剿灭奸臣为名，入侵南京。经过四年战乱，文健四年(1402)，燕王朱迪攻入京师，结果“京师失陷，宫室失火”，烧毁奉天殿等宫殿，皇帝文健及其后妃也被烧死(一说逃往南方)。
朱迪即位后，仍住在南京故宫，但同时下令迁都北平(今北京)。永乐十八年(1420)，北京紫禁城落成，次年朱迪迁都北京。之后，南京故宫不再使用，但仍作为居住宫殿使用，由皇室和内部官员管理。几百年后，风雨侵袭，自然破坏也很严重。比如明英宗正统十四年(1449)，夏、六月间下了一场雷雨，神参和盖华的寺庙遭雷击起火。宪宗成化二十一年(1485)五月，“南京大风连根拔起祠堂树，毁大祭堂、皇城兽吻”。世宗嘉靖元年(1522)“秋七月，风雨交加，河水泛滥，郊陵城墙尽坏。”到公元1644年，李自成率领农民起义军攻陷北京，崇祯皇帝的弟弟朱友松逃到南京，延迟了南明王朝的建立。明故宫破败不堪，朱友松只能在南京，也就是皇帝位于武英殿，因为金禧殿没了。
崇祯十七年(1644)，斧王、朱友松在此即位，一度建立南明政权。此时，明故宫大部分寺庙已经倒塌，南京的祠堂早已被烧毁。朱友松进行了一些修复工作，修建了奉天门、慈禧堂等建筑。
清朝灭南明后，南京改为江宁，明朝皇城改为八旗驻防城，都统将军和第二衙门设在明故宫博物院，从太平门到通济门筑墙隔离。明故宫的建筑遭到了严重的破坏。
南京故宫模型(南京博物院展品)
康熙年间，明故宫的石雕被用来建造普陀山寺庙。公元1684年，康熙皇帝第一次南巡，到达江宁(南京)。当他看到破败的“明皇宫”时，深受感动，在《论过金陵》一文中写道:“你讲紫禁城的故事，有许多美景。以前凤凰雄伟，现在毁了！.....过了城，巷子里旧观念没变，宫里没人。看到这里，我不能不感叹吴宫的花草和晋朝的衣裳！”可见此时的明朝紫禁城是相当荒凉的。
太平天国攻陷南京后，并没有将明故宫作为宫殿的基址，而是在城内选择了一个新的地点修建了新的宫殿，在这里从明故宫中搬走了大量的石头和砖块。到太平天国灭亡的时候，明朝紫禁城的宫殿和城墙已经基本消失。[6]
清朝咸丰、同治年间，由于太平军与清军的战斗运动，明朝紫禁城又遭受了一次大的破坏，除了埋在地下的石构件地基，只剩下一片瓦砾、蛇鼠。1911年，英国人Fares还从明宫遗址上拆下了7件石雕和3对石狮，运到下关的扬子饭店进行装饰。
民国时期曾计划以明故宫为中央行政区，但由于财力和战争原因，该计划未能完全实现。明宫旧址内仅建有中国国民党中央监察委员会和中国国民党中央党史资料陈列馆。1929年，为迎接孙中山先生的灵柩安葬中山陵，新建的中山东路从明故宫博物院废墟中穿过，将其分为两部分。到了民国后期，明朝的紫禁城已经变成了一个小机场。
1949南京一解放，刘伯承、陈毅等同志就邀请有关专家学者进行讨论，征求保护意见。与会者一致认为，这是中国历史上明故宫的重要遗址，应该得到保护，因此他们决定就地掩埋约350根石柱，并将其埋在道路北侧的中轴线及其两侧。中山东路北侧约60万平方米土地将被打造成南京军区训练场进行保护；以及被英国票价抢到下关扬子饭店的石雕被运回现场整修。
1956 10，明故宫博物院遗址公布为江苏省重点文物保护单位；1991年，明故宫遗址公园正式对外开放；2000年，省大剧院搬迁，另建。公园重建后，作为南京市第一批免费公园重新开放。2006年，明故宫博物院遗址正式升级为全国重点文物保护单位。
2011年后，南京市政府对明故宫遗址进行了新的保护和利用方案的规划和论证，将其打造成国家级遗址公园。