国家自然基金项目合作单位的经费如何分配

根据《国家自然科学基金委员会基金管理办法》，合作单位的基金分配主要依据以下原则:

1.项目获得资助后，甲乙双方根据各自的项目经费分别制作“国家自然科学基金项目经费预算表”和“预算表”，并根据此预算计划进行经费分配。

2.间接资金数额原则上按双方直接资金扣除仪器设备购置费后乘以相同比例计算，计算比例按《资金办法》相关规定执行。

3.项目资金将分期拨付。基金委员会下达的年度资金(包括直接资金和间接资金)到账后30日内，甲方将按比例拨付给乙方。

需要注意的是，具体的资金分配方案需要根据合作协议的约定和项目资金的管理方式来确定。