尚志君致力于编纂唐代国家药典——新修本草。

尚志军从1947开始新修本草的编校工作。起初，他以明代李时珍的《本草纲目》为底本，花费数年心血。当它即将完成时，他意识到李时珍引用的材料是从《证本草》中转录出来的，这不是最原始的材料，也有许多错误。于是，他断然推翻了之前的草稿，从头开始。经过几年的飞蚊和冷冻，初稿终于在1958完成。赴京深造时，在北京图书馆和赵一煌先生的《本草珍本》中刻苦学习，并不断得到陈邦贤先生、范星准先生和赵一煌先生的审阅和指导。最后，他接受了范兴准先生的建议，以论文为编纂底本，做了大量的修改和补充，该书也被列入人民卫生出版社的出版计划。1962年，由于三年自然灾害的影响，《新修本草》手稿像许多建设工程一样被迫下马，但同年由芜湖医学院油印出版，范兴准先生作序。同时油印了乌普的《本草》、《本草经注集》和《新修本草集》。其中，《新编本草》由安徽科学技术出版社1981出版，《乌普本草》由人民卫生出版社1987出版。

《新编本草》的编纂在国内外本草学界产生了很大的影响，正如樊兴准先生在1962中为该书所作的序言:“我们知道，国内外从事《新编本草》编纂的人不止一个，但没有一个人问世。今天尚先生可以打头阵，把世界上第一部国家药典弄成1300年前的样子。1981《中医杂志》第二期对商版的评价是:“近30年来，商之君完成了《新修本草》的编纂，特别是《新修本草》具有世界第一药典的性质，可在中国编纂，使其重现于世。

1990年9月，《新编本草》一册在北京举办的首届中国中医药博览会上展出，受到医药界专家的广泛关注和好评。正如《安徽堂序》所言:“尚志君教授整理本草文献18种，如《唐新修本草》，享誉海内外。”