商家是否可以在食品制作过程中添加药物来增加食补效果？

一般不允许。根据《食品安全法》第五十条规定，生产经营的食品不得添加药品，但可以添加传统上既是食品又是中药材的物质。按照传统，既是食品又是中药材的物质目录由国务院卫生行政部门制定并公布。