最近，许多人利用叶绿体rbcl基因序列来检测植物的系统发育。原理是什么？

科学就是这么忽悠人的。

虽然现在是分子生物学时代，但是系统发育仍然是基于经典的形态分类。基因组中有各种各样的分子标记，有些是保守的，有些不是。当然，你可以选择一个基因作为分子标记来做系统发育，但不同分子标记的结果往往不一致，甚至截然相反。那么用哪个分子来标记呢？就是用最符合我们形态情况的分子标记！

我跟着一个学长做植物的系统发育研究。一开始选择了很多分子标记，都做了，然后最终选择了符合我们理论的分子标记(其实其他分子标记的结果和我们的理论有点出入，这也是正常的，比如两组在形态上明显不同，结果一个基因很保守，所以做出来就会说没有区别，这显然是不现实的)。

现在，RBCI的研究结果与形态学和其他分子标记的合成非常一致。所以用的比较多。分子标记的进化速度不是越慢越好，而是不太快也不太慢，这正好最能体现你理论的正确性~ ~

嘿，嘿，明白了吗？